BaÅŸbuÄŸ, gece yarısından hemen sonra gelen tutuklama kararı sonrası adliyeden çıkartılarak önce saÄŸlık kontrolüne, oradan da Silivri Cezaevi'ne götürüldü. 7 saatlik savcılık sorgusunun ardından 12. Ağır Ceza Mahkemesine sevk edilen BaÅŸbuÄŸ savunması ÅŸöyle:
"Bu suçu reddediyorum. Bu suçlamayla itham edilen kiÅŸi, Türkiye Cumhuriyeti Devletinin 26. Genelkurmay baÅŸkanıdır. Bunu tarihe not olarak düÅŸmekte yarar görüyorum.
Ben Genelkurmay BaÅŸkanı olarak TSK’nın komutanıyım ki bu TSK, dünyanın sayılı en güçlü ordularından biridir. Böyle bir orduya komuta eden birisinin, silahlı terör örgütü kurmak ve yönetmekle suçlanmasına gerçekten trajikomik diyebiliriz.
Ben 2002 yılı 30 AÄŸustosun da orgeneralliÄŸe terfi ettim ve 2003 AÄŸustosu itibariyle Genelkurmay İkinci BaÅŸkanlığı görevine atandım. Bu görevi yaptığım 2003-2005 yılları arasında çeÅŸitli vesilelerle sayın CumhurabaÅŸkanı ve gerekirse sayın BaÅŸbakan ile çalışmalarımız oldu. Yine bu siyasi iktidar tarafından 2006 yılında Kara Kuvvetleri Komutanı olarak atandım. Yine ÅŸu andaki hükümetimiz tarafından, 2008-2010 yılları arasında Genelkurmay BaÅŸkanlığı görevine getirildim.
Sayın CumhurbaÅŸkanı ve BaÅŸbakan'la ve MGK üyesi olarak bu hükümetin bakanlarıyla birlikte çalıştık. Åžimdi elbette devletimizin istihbarat olanakları ve imkanları var. Bu kadar sene siyasi otoritenin en büyük makamlarıyla beraber çalışıyoruz ve benim o dönemlerde silahlı bir terör örgütü kurmam ve yönetmem tespit edilmemiÅŸtir ki bu üzerinde durulması gereken bir nokta.
Tespit edilmiÅŸ ve bu görevde tutulmuÅŸsam bu da ayrı bir nokta. Bu suçlamayla emekli olduktan 1.5 sene sonra karşı karşıya kaldım. Çünkü üzücü ve anlaşılması zor olan, eÄŸer ki benim bu faaliyetleri aktif görevim esnasında yaptığım iddia ediliyorsa ve bu faaliyetlerim o zaman devletin yetkili makamlarınca anlaşılmamışsa bunu da anlamak mümkün deÄŸildir.
Netice olarak, böyle bir iddiayı duymak, iÅŸitmek; silahlı kuvvetler bünyesinde ülkeye ve devlete ÅŸerefiyle görev yapmış bir general olarak onuruma dokunmaktadır. Bir Genelkurmay BaÅŸkanının silahlı terör örgütü kurmakla suçlanması; bu bana verilecek en büyük cezadır. Bunun bu ÅŸekilde söylenmesi bile bana verilecek en büyük cezadır, daha büyüÄŸünün olacağını düÅŸünmüyorum.
Taktir mahkemenizindir, bizler gelip geçiciyiz ancak sizler tarihe not düÅŸeceksiniz."